14.10.2024, 15:00 Uhr
UBB
Seminarraum 2.1
Djerassiplatz 1
1030 Wien Seminarraum 2.1
Titel: predicting nitrite oxidation using evolutionary genomics
Kurzfassung:
Nitrifikation ist ein mehrstufiger Prozess der ein wesentlicher Bestandteil des globalen
Stickstoffkreislaufs ist. Der letzte Schritt der Nitrifikation ist die Oxidation von Nitrit zu
Nitrat. In diesem Projekt wurden die Genome von Organismen untersucht, die zur
NarG-catalysierten Nitritoxidation fähig sind. Eine phylogenetische Analyse der
NarG-Sequenzen deutet darauf hin, dass die nitrifizierende Variante nicht ursprünglich
von den Organismen stammt, die heute als Nitritoxidierer bekannt sind, und daher
auch in anderen Organismen vorhanden ist. Unser Ziel war es, Eigenschaften von
nitrifizierenden Organismen zu identifizieren, die sie von ihren nicht-nitrifizierenden
Verwandten unterscheiden, am Beispiel der bekannten Genera Nitrobacter und
Nitrococcus. Diese Eigenschaften können helfen, die Nitritoxidationsfähigkeit in
anderen Organismen vorherzusagen.
Im Rahmen des Projekts führten wir phylogenetische und pangenomische Analysen
durch, um Gene zu identifizieren die exklusiv für diese Nitrifizierer sind. Schließlich
führten wir Strukturvorhersagen durch, um verschiedene Interaktionsmöglichkeiten mit
dem Nar-Komplex zu bewerten.
Eine wichtige Entdeckung war das Protein NarC, dessen Verbreitung in der
NarG-Phylogenie auf eine konservierte evolutionäre Rolle im Nar-Komplex hindeutet.
Strukturvorhersagen wiesen auf einen vierteiligen Komplex (NarGHIC) hin. Wir
untersuchten auch die Möglichkeit, dass das membrangebundene Cytochrom PIP 736
den Elektronentransport zwischen NarGHIC und COX vermitteln könnte.