10.06.2022, 13:00 Uhr
Durchführung per Videokonferenz
(Corona-Situation)
Titel: „ Development of the Oxford Nanopore DNA methylation pipelines “
Kurzfassung:
Die Oxford Nanopore Sequenzierung entwickelt sich rasant und wird in einer Vielzahl von Forschungsanwendungen eingesetzt. Die wachsende Nachfrage nach dieser neuartigen Sequenzierungsmethode kann auf ihre höhere Zeit- und Kosteneffizienz zurückgeführt werden, sowie auf ihre Fähigkeit lange DNA-Fragmente auf kleinen tragbaren Geräten zu erzeugen. Gleichzeitig ermöglicht sie den direkten Methylierungsnachweis von Nukleobasen ohne chemische Behandlung oder PCR-Amplifikation und bietet daher viele Vorteile im Vergleich zur Bisulfit-Konvertierung, der üblicherweise verwendeten Methode zur Messung der DNA-Methylierung. Das Ziel der vorliegenden Arbeit ist es die gezielte 5mC-methylierung unter Verwendung von Nanopore-Sequenzierung zu evaluieren, mit dem ultimativen Ziel, molekulardiagnostische Assays aus leicht zugänglichen Körperflüssigkeiten zu entwickeln, wie z.B. Speichel. Zu diesem Zweck haben wir die Pipeline für Nanopore-basierte Methylierungsanalysen, sowohl für direkt methylierte Reads als auch für Bisulfit-konvertierte Reads, entwickelt. Notwendige Schritte beider Pipelines sind unter anderem Qualitätskontrolle, Mappen auf das Referenzgenom sowie das bestimmen der DNA Methylierung. Um die Pipelines in ihrer Effizienz zu optimieren, haben wir mehrere existierende Tools für verschiedene Pipeline-Schritte verglichen, getestet und daraus konnten wir die Pipelines etablieren, die zuverlässige und plausible Ergebnisse liefern.