02.07.2025, 14:00 Uhr

Universität Wien
Besprechungsraum 4.34
Währinger Str. 29
1090 Wien

Titel: Genome Scaffolding of the Polyploid CAM Tree Clusia rosea

Kurzfassung:

Diese Masterarbeit untersucht die Clusia-rosea-Spezies durch Genome-Scaffolding, einen Prozess, 
welches das Genom auf chromosomaler Ebene zusammenfügt. Das Ziel dabei ist, Einblick
in die genetische Struktur und Komposition zu gewinnen und dadurch die polyploide Natur dieser 
Spezies näher zu kennen. Clusia rosea ist eine polyploide Pflanze, welche eine spezielle Form von 
photosynthetischer Adaptierung namens Crassulaceen-Säurestoffwechsel (CAM) aufweist. In Betracht 
auf den Klimawandel und Wasserknappheit, ist diese Analyse von großem Inter- esse, da die 
CAM-Adaptierung landwirtschaftliche Systeme ankurbeln kann, um Pflanzen bei Wasserlimitationen zu 
produzieren. Eine nähere Analyse von Clusia rosea kann helfen, Ein- blicke in die evolutionäre 
Historie von CAM in Clusia zu verschaffen. Durch zahlreiche Anal-
ysen und statistische Auswertungen im Genome-Scaffolding-Prozess wurde eine Limitierung in der 
Read-Coverage der Sequenzierungsdaten festgestellt, welche eine große Hürde bei der Generierung von 
Chromosomen-level-Scaffolds darstellte. Die Ergebnisse dieser Masterarbeit legen die Notwendigkeit 
von hochqualitativen Reads nahe. Durch diese Analyse kann man ebenso festlegen, dass neuere 
Sequenzierung Technologien und Tools das erwünschte Ziel eines Genome-Scaffoldes von Clusia rosea 
verwirklichen können.
This master thesis investigates the Clusia rosea species by genome scaffolding, a process that 
assembles the genome at the chromosomal level. The aim is to gain insight into the genetic 
structure and composition and thereby understand the polyploid nature of this species. Clu- sia 
rosea is a polyploid plant that exhibits a special form of photosynthetic adaptation called 
Crassulacean Acid Metabolism (CAM). In the wider context of climate change and water scarcity, this 
analysis is of great interest as CAM adaptation can boost agricultural systems to produce crops 
under water limitation. A closer analysis of Clusia rosea can help to provide insights into
the evolutionary history of CAM in Clusia. Through numerous analyses and statistical evalua-
tions in the genome scaffolding process, a limitation in the read coverage of the sequencing data 
was identified, which represented a major hurdle in the generation of chromosome-level scaffolds. 
The results of this master thesis suggest the need for high quality reads. Through this analysis, 
it can also be determined that newer sequencing technologies and tools can realise
the desired goal of a Clusia rosea genome scaffold.