Univ.-Prof. Dipl.-Phys. Dr. Ivo Hofacker
1090 Wien
Lehrveranstaltungen
Wintersemester 2026
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301590 VU Grundlagen der Bioinformatik
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311599 UE Praktikum Bioinformatik
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500501 SE Doktoranden Forschungsseminar - Data and Knowledge
Sommersemester 2026
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053521 VU Sequenz- und Struktur-Bioinformatik
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270020 PR Wahlfachpraktikum D (Bachelormodul) - Theoretische Chemie / Computergestützte Biologische Chemie
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270021 SE Erstellen der Bachelorarbeit D - Theoretische Chemie / Computergestützte Biologische Chemie
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270054 VO Bioinformatik der Nukleinsäuren
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301578 VO Spezielle Themen der Bioinformatik
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500501 SE Doktoranden Forschungsseminar - Data and Knowledge
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530034 SE Journal Club Bio- and Cheminformatics
Wintersemester 2025
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270020 PR Wahlfachpraktikum D (Bachelormodul) - Theoretische Chemie / Computergestützte Biologische Chemie
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270021 SE Erstellen der Bachelorarbeit D - Theoretische Chemie / Computergestützte Biologische Chemie
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301590 VU Grundlagen der Bioinformatik
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301599 UE Praktikum Bioinformatik
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500501 SE Doktoranden Forschungsseminar - Data and Knowledge
Publikationen
Rational design of mechanically active RNAs: de novo engineering of functional exoribonuclease-resistant RNAs. / Sidl, Leonhard (Korresp. Autor*in); Walter, Jule; Gutenbrunner, Katrin et al.
in: Nucleic Acids Research, Band 54, Nr. 9, gkag473, 22.05.2026.
Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Peer Reviewed
MicroRNA-Mediated Obstruction of Stem-loop Alternative Splicing (MIMOSAS) regulates long-range alternative splicing in Drosophila. / Ruan, Kai; Liu, Jiaqi; Xia, Melanie et al.
in: Nucleic Acids Research, Band 54, Nr. 7, gkag356, 24.04.2026.
Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Peer Reviewed
Experimental identification of preQ1-binding RNAs in the pathogenic bacterium Listeria monocytogenes. / Hanisch, Malou; Flemmich, Laurin; Mitteregger, Christoph et al.
in: RSC Chemical Biology, Band 6, Nr. 12, 14.10.2025, S. 1867-1878.
Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Peer Reviewed
Computational complexity, algorithmic scope, and evolution. / Sidl, Leonhard; Faissner, Maximilian; Uhlir, Manuel et al.
in: Journal of Physics: Complexity, Band 6, Nr. 1, 015013, 01.03.2025.
Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Peer Reviewed
Old Dog, New Tricks: Exact Seeding Strategy Improves RNA Design Performances. / Boury, Théo; Sidl, Leonhard; Hofacker, Ivo L. et al.
Research in Computational Molecular Biology - 29th International Conference, RECOMB 2025, Proceedings. Hrsg. / Sriram Sankararaman. Springer Science and Business Media Deutschland GmbH, 2025. S. 134-152 (Lecture Notes in Computer Science, Band 15647 LNBI).
Veröffentlichungen: Beitrag in Buch › Beitrag in Konferenzband › Peer Reviewed
tRNA expression and modification landscapes, and their dynamics during zebrafish embryo development. / Rappol, Tom; Waldl, Maria; Chugunova, Anastasia et al.
in: Nucleic Acids Research, Band 52, Nr. 17, 23.09.2024, S. 10575-10594.
Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Peer Reviewed
Sampling globally and locally correct RNA 3D structures using Ernwin, SPQR and experimental SAXS data. / Thiel, Bernhard C; Bussi, Giovanni; Poblete, Simón (Korresp. Autor*in) et al.
in: Nucleic Acids Research, Band 52, Nr. 16, 09.09.2024, S. e73.
Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Peer Reviewed
Sequence Design for RNA-RNA Interactions. / Waldl, Maria; Yao, Hua Ting; Hofacker, Ivo L. (Korresp. Autor*in).
RNA Design: Methods and Protocols. Hrsg. / Alexander Churkin; Danny Barash. Springer Nature, 2024. S. 1-16 (Methods in Molecular Biology, Band 2847).
Veröffentlichungen: Beitrag in Buch › Beitrag in Buch/Sammelband › Peer Reviewed
Comparative RNA Genomics. / Backofen, Rolf; Gorodkin, Jan; Hofacker, Ivo et al.
Comparative Genomics: Methods and Protocols . 2. Aufl. Humana, New York, NY, 2024. S. 347–393 (Methods in Molecular Biology, Band 2802).
Veröffentlichungen: Beitrag in Buch › Beitrag in Buch/Sammelband › Peer Reviewed
Phylogenetic and Chemical Probing Information as Soft Constraints in RNA Secondary Structure Prediction. / von Löhneysen, Sarah (Korresp. Autor*in); Spicher, Thomas; Varenyk, Yuliia et al.
in: Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology, Band 31, Nr. 6, 01.06.2024, S. 549-563.
Veröffentlichungen: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Peer Reviewed
Projekte
RNAdeco: Decorating RNA for a purpose
Jantsch, M. F. (Projektkoordinator*in), Ameres, S. (Projektleiter*in) & Hofacker, I. (Projektleiter*in)
1/03/20 → 29/02/28
Projekt: Forschungsförderung
Vorhersage von RNA-RNA Interaktionen
Hofacker, I. (Projektleiter*in)
1/12/16 → 30/11/20
Projekt: Forschungsförderung
Transcri. Analyse von Bordetell
Hofacker, I. (Projektleiter*in)
29/10/15 → 28/10/18
Projekt: Forschungsförderung
RNA-Funktionskontrolle
Hofacker, I. (Projektleiter*in)
24/03/11 → 23/03/14
Projekt: Forschungsförderung
RNA Biologie
Leodolter-Barta, A. (Projektleiter*in), von Haeseler, A. (Co-Projektleiter*in), Bläsi, U. (Projektleiter*in), Görke, B. (Co-Projektleiter*in), Hofacker, I. (Co-Projektleiter*in), Moll, I. (Co-Projektleiter*in), Ayatollahi, Z. (Projektadministrator*in) & Martins, A. (Projektadministrator*in)
1/12/06 → 30/06/21
Projekt: Forschungsförderung
Vorträge
Progress and challenges in RNA secondary structure prediction
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
The impact of post-transcriptional modifications on the tRNA secondary structure"
Spicher, T. (Vortragende*r), Gutenbrunner, K. (Autor*in), Lorenz, R. (Autor*in) & Hofacker, I. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Predicting the Effect of RNA Modifications on RNA Structure
Hofacker, I. (Vortragende*r), Spicher, T. (Autor*in), Varenyk, Y. (Autor*in), Lorenz, R. (Autor*in) & Wolfinger, M. T. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Progress and Challenges in RNA Secondary Structure Prediction
Hofacker, I. (Vortragende*r)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Positional Impacts on tRNA Structure: Constraint-Based Prediction and Links to Modification Sites
Spicher, T. (Vortragende*r), Varenyk, Y. (Autor*in), Lorenz, R. (Autor*in) & Hofacker, I. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Design of cotranscriptional folding paths
Badelt, S. (Vortragende*r), Miksch , L. (Autor*in) & Hofacker, I. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Detecting Pseudouridines in tRNAs: Addressing Computational Mapping Errors
Velandia-Huerto, C. A. (Vortragende*r) & Hofacker, I. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Coarse Grained Sampling of 3D RNA Structures in Ernwin
Hofacker, I. (Vortragende*r)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Structure and Design of RNase resistant RNA structures
Sidl, L. P. (Vortragende*r) & Hofacker, I. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Free energy calculation of modified nucleotides by molecular dynamics simulations
Spicher, T. (Vortragende*r), Lorenz, R. (Autor*in) & Hofacker, I. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
The effect of modified nucleotides on RNA structure
Varenyk, Y. (Vortragende*r), Lorenz, R. (Autor*in), Spicher, T. (Autor*in) & Hofacker, I. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
The effect of modified nucleotides on RNA structure
Varenyk, Y. (Vortragende*r), Lorenz, R. (Autor*in), Spicher, T. (Autor*in) & Hofacker, I. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Computational Estimation of Energy Parameters
Spicher, T. (Vortragende*r), Lorenz, R. (Autor*in) & Hofacker, I. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Modeling RNA-RNA interaction formation on direct paths
Waldl, M. (Vortragende*r), Hofacker, I. (Autor*in) & Will, S. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
The effect of modified nucleotides on secondary structure prediction in tRNA
Varenyk, Y. (Vortragende*r), Hofacker, I. (Autor*in), Lorenz, R. (Autor*in) & Spicher, T. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Predicting the effect of modified nucleotides on RNA structure
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Computational Estimation of Energy Parameters for modified Nucleotides
Spicher, T. (Vortragende*r), Lorenz, R. (Autor*in) & Hofacker, I. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Incongruent Evolution of RNA Sequence and Structure
Waldl, M. (Vortragende*r), Will, S. (Autor*in), Wolfinger, M. T. (Autor*in), Hofacker, I. (Autor*in) & Stadler, P. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Modified nucleotides in RNA secondary structure prediction
Varenyk, Y. (Vortragende*r), Hofacker, I. (Autor*in), Lorenz, R. (Autor*in) & Spicher, T. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Experiments in Deep Learning for RNA Secondary Structure Prediction
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Features of RNA-RNA interaction kinetics
Waldl, M. (Vortragende*r), Will, S. (Autor*in) & Hofacker, I. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Simulations of cotranscriptional folding explain the impact of sequence mutations
Badelt, S. (Vortragende*r), Lorenz, R. (Autor*in) & Hofacker, I. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Experiments in Deep Learning for RNA Secondary Structure Prediction
Hofacker, I. (Keynote speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
An RNA kinetics ansatz derived from an efficient prediction of RNA pathways
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Experiments in Deep Learning for RNA Secondary Structure Prediction
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Incongruent Evolution of RNA Sequence and Structure
Waldl, M. (Vortragende*r), Will, S. (Autor*in), Hofacker, I. (Autor*in) & Stadler, P. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Modeling RNA-RNA interaction formation on direct paths
Waldl, M. (Vortragende*r), Beckmann-Schneider, I. K. (Autor*in), Will, S. (Autor*in) & Hofacker, I. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
MODELING THE KINETICS OF RNA-RNA INTERACTION FORMATION
Waldl, M. (Vortragende*r), Beckmann-Schneider, I. K. (Autor*in), Will, S. (Autor*in) & Hofacker, I. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Prediction of co-transcriptional RNA folding for Modeling Riboswitches
Hofacker, I. (Keynote speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Bi-alignments as Models of Incongruent Evolution of RNA Sequence and Structure
Waldl, M. (Vortragende*r), Will, S. (Autor*in), Wolfinger, M. T. (Autor*in), Hofacker, I. (Autor*in) & Stadler, P. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Co-transcriptional RNA folding kinetics
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Bi-alignments as Models of Incongruent Evolution of RNA Sequence and Structure
Waldl, M. (Autor*in), Will, S. (Autor*in), Wolfinger, M. T. (Autor*in), Hofacker, I. (Vortragende*r) & Stadler, P. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Human & Bordetella pertussis co-expression networks
Farman, M. R. (Vortragende*r) & Hofacker, I. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Computational Approaches to RNA Folding Kinetics
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
RNA secondary Structures
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
RNA-RNA Interaction Kinetics for Refining RNA Targeting Screens
Waldl, M. (Vortragende*r), Will, S. (Autor*in) & Hofacker, I. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
RNA-RNA Interaction Kinetics for Refining RNA Targeting Screens
Waldl, M. (Vortragende*r), Will, S. (Autor*in) & Hofacker, I. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Co-transcriptional Folding Kinetics and Riboswitch Modeling
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Identification and Classification of Pseudoknots and their Impact on RNA 3D structure prediction
Beckmann-Schneider, I. K. (Vortragende*r), Thiel, B. (Autor*in) & Hofacker, I. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
Predicting Pseudoknots in RNA 3D structures
Beckmann-Schneider, I. K. (Vortragende*r) & Hofacker, I. (Autor*in)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Science to Science
RNA 2D folding Dynamics and 3D Structure Prediction
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Coarse Grain 3D RNA Structure Prediction
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Computational Biology with RNA Structures, Interactions, and Dynamics
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Beyond RNA secondary structure
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
siRNA and Oligo Design
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
RNA folding kinetics and energy landscapes
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Energy directed RNA folding
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
In silico Annotation of noncoding RNAs and their Targets
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Beyond RNA secondary structure:G-quadruplexes and non-canonical pairs
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Predicting Targets and Effects of Bacterial small RNAs
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Predicting functional RNA structures
Hofacker, I. (Vortragende*r)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Folding with Fancy Constraints -Secondary Structures from Probing Data
Hofacker, I. (Vortragende*r)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
RNA Structures, Interactions, and Folding Kinetics
Hofacker, I. (Vortragende*r)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Folding Kinetics and Energy Landscapes for RNA Secondary Structures
Hofacker, I. (Vortragende*r)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
RNA in silico: Bioinformatik im postgenomischen Zeitalter
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
RNA Folding Kinetics and Dynamic Landscapes
Hofacker, I. (Vortragende*r)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Advances in RNA Bioinformatics. Prediction of RNA Structures, Interactions, and Folding Kinetics
Hofacker, I. (Vortragende*r)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
The art of RNA homology search
Hofacker, I. (Vortragende*r)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Prediction of bacterial small RNA targets
Hofacker, I. (Vortragende*r)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Micro RNA Discovery in Sequencing Data without a Genome
Hofacker, I. (Vortragende*r)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Beyond secondary structures: Predicting non-canonical pairs
Hofacker, I. (Vortragende*r)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
In silico annotation of noncoding RNAs and their targets
Hofacker, I. (Vortragende*r)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
RNA Folding Dynamics -- trajectories and landscapes
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Energy Landscapes for RNA Folding: Time- dependent Landscapes and 2D Projections
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Bioinformatics for the Modern RNA World:From Gene Finding to Function
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Detection, annotation, and target search for noncoding RNAs
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
ncRNA Annotation and Target Prediction
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
RNA Bioinformatics: From structure prediction to RNA gene finding
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Introduction to non-coding RNA gene finding
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
From noncoding RNA Search to Annotation
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Prediction of ncRNA Interaction Targets
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
RNA Structure thermodynamics, basic folding
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Solving RNA bioinformatics problems using the Vienna RNA Package
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Stochastic Models, HMMs, SCFGs, and model training
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Computational Detection and Analysis of noncoding RNAs
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Prediction of RNA-RNA interaction
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Prediction of RNA-RNA interaction
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Computational Detection and Annotation of Non-Coding RNAs
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Basic Algorithms in RNA Bioinformatics
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Noncoding RNAs in Bacteria
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
RNA Bioinformatics -- An Overview
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
Prediction of RNA-RNA interaction
Hofacker, I. (Invited speaker)
Aktivität: Vorträge › Vortrag › Andere
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