15.10.2025, 10:00 Uhr
Universität Wien
Besprechungsraum 6.35
Währinger Str. 29
1090 Wien
Titel: Investigation of lncRNAs in Trichoderma reesei
Kurzfassung:
Die lange nichtkodiernede RNA HAX1 aus dem Schlauchpilz Trichoderma reesei nimmt
eine zentrale Rolle in der Regulation der Expression von Carbohydrate-active enzymes ein.
Durch die Entwicklung neuer Next-Generation Sequencing Technologien ist die Anzahl
der RNAs, die nicht für Proteine kodieren, drastisch angestiegen. Verschiedene Klassen
von nichtkodiernden RNAs regulieren die Genexpression auf RNA-RNA, RNA-DNA
oder RNA-Protein Ebene durch Chromatin-Remodellierung, direkte Interaktion mit
Transkripten oder Posttranslationale Modifikationen. RNAs können sich wie Proteine in
komplexe dreidimensionale Strukturen falten. Da die Struktur der RNA entscheidend für
die Aktivität ist, ist die Strukturaufklärung ein wichtiger Faktor in der RNA Forschung.
Eine Methode zur Bestimmung der Struktur ist Selective 2’-Hydroxyl Acylation analyzed
by Primer Extension (SHAPE), welche verwendet wurde um HAX1 zu untersuchen.
Die Vorhersage von nichtkodierenden RNAs aus RNA-Seq Daten erfordert mehrere
bioinformatische Programme und kann dadurch zu einer Hürde für Forschende werden.
Dies führte zur Entwicklung voll automatischer Analyse Pipelines wie UClncR und
lncpipe. Jedoch sind diese Pipelines limitiert auf RNA-Seq Daten die von Mensch,
Maus, Zebrafisch oder Fruchtfliege stammen. Pinc wurde entwickelt um nichtkodierende
RNAs aus anderen Organismen vorhersagen zu können. Zusätzlich ermöglicht Pinc eine
Genexpressionanalyse vom gesamten Transkriptom um unterschiedlich expremierte Gene
zu untersuchen. Implementiert wurde die Pipeline mit etablierten Programmen und
Nextflow als Framework und ermöglicht Forschenden die verlässliche Vorhersage von
nichtkodierenden RNAs unabhängig vom Organismus.